红色（棕色或深赤褐色）边境牧羊犬
 
      红色的纯色基因是隐性的，因此显示红色的狗一定携带两个隐性红色纯色基因。也就是说，它的双亲均至少携带一个红色隐性纯色基因。 红色边境牧羊犬所指的和其实棕色或深赤褐色的改良品种是一样的。红色在阳光下有变浅的倾向。红色的狗有浅色的眼睛和深赤褐色的鼻子。

蓝色（深蓝灰色）边境牧羊犬
 
      蓝色来自于稀色基因。这两个因子是非稀释（显性）和稀释（隐性）。稀释不是一种颜色而是逐渐减少纯色（或黑色或红色）的强度。这也不同于蓝灰色狗—这种蓝灰基因很不相同，我们将在以后介绍。 为了显示蓝色，狗必须携带两个隐性稀释基因—分别来自它的父母。因此，它的双亲必须要么是黑色或红色并且携带稀释基因或者本身是蓝色或浅紫色（稀释的红色）。

蓝色三色边境牧羊犬
 
      因为边境牧羊犬的毛色由一系列基因决定，所以各种独立的色彩可能显示在一条狗上。这种狗基本上是黑白色，但携带两个稀释隐性基因和两个三色（黑色和棕黄色）隐性基因。它有可能携带一个红色纯色基因，我们无法分辨。这种狗，我们知道，它携带两个隐性稀释基因（否则它不可能显示蓝色或浅紫色）和两个三色稀释基因（否则它不会显示棕黄色）。我们也知道，它不携带混色基因（混色是是能够显示出来的显性基因）

红色三色边境牧羊犬
 
      这种狗是红色和白色因此它必须携带两个隐性纯色基因（黑色是显性，红色是隐性）和两个隐性三色基因（黑色和棕黄色）。象蓝色三色狗一样，黑色，白色和红色和白色。我们知道这种狗不携带混色基因。因为混色基因是显性的，如果携带了则会显示出混色。 我们通过观察狗不能分辨出他是不是携带两个稀释基因。它不携带两个稀释基因（否则它会显示出浅紫色三色）因为它有一个纯色（红色）但它可能携带一个稀释基因和一个非稀释基因，非稀释基因是显性的。

蓝灰混色边境牧羊犬
 
      混色是一个非常有趣的基因。它在很多狗的后代中都发现存在，包括设德兰牧羊犬和柯利牧羊犬。但是它经常被冠有不同的名字（有斑点的达克斯猎狗，澳大利亚牧羊犬的花呢色等等）。混色基因是显性的以致于它只要携带一个混色基因，它就会显示混色特征。 混色通过白色不规则的斑点或黑色或红色补丁，中断了纯色狗的毛色（不管是黑色还是红色）。中断的颜色取决于狗是携带显性的黑色基因还是红色的隐性基因。

红灰混色边境牧羊犬
 
      因为混色是显性的，似乎应该这种现象会很普遍，但事实并非如此。混色被认为是半致死的基因而且一条混色狗从不和另一条混色狗交配，即使这种情况发生，接收两个混色基因的幼犬有可能有严重的健康问题。 携带两个混色基因的小狗可能是纯白毛，或是瞎子，或是有些可能异常小，没有眼睛，或者部分甚至全聋。因此混色必须常于纯色基因交配（不管是稀释还是不稀释）。

蓝灰混色边境牧羊犬
 
      混色是少量显性基因之一，它有可能存在这条狗携带一个隐性基因（非混色）。因为缺乏以上所说的健康问题。混色有时候能产生蓝色眼睛。 最普遍的混色是蓝灰混色。狗携带有显性的黑色纯色基因通过显性的混色基因变成了浅白蓝色。如果这狗也携带了两个三色隐性基因，它也将显示象蓝灰一样的三色。 红灰三色边境牧羊犬 　　　 因为红色是隐性基因，因此红灰比较少见。狗携带两个隐性红色纯色基因和两个隐性三色基因。而且如果这狗携带一个显性混色基因（因为毛色是大理石白色）和一个隐性非混色基因。这个将不会有健康问题。 稀释蓝色和浅紫色非常少见，因为这种自然的隐性稀释基因和混色基因一起出现很稀有。大部分饲养者避免 这种颜色的组合，他们关注脾气，型号，和质量，而不是新奇。

浅紫色边境牧羊犬
 
      这是一种很少见的毛色，尤其在犬科动物中。浅紫色是由隐性红色纯色基因和隐性稀释基因一起作用产生的一种银灰的结果。这种色彩仅在威玛狗中常见，尽管也能出现在边境牧羊犬中。 尽管健康问题和浅紫色没有必然的因果联系，饲养员并不常做这种混合隐性基因的事。因为他们警惕有可能的健康问题和可以理解的缺乏好的奇怪的非典型的改良品种。

白色边境牧羊犬
 
      这不是一种颜色，而是缺乏色彩。因此称白色边境牧羊犬身上大部分区域的毛发缺乏斑点或色彩。很少有边境牧羊犬全白色，通常是有有限的色彩在头部，尤其是眼睛四周。一条“白色” 边境牧羊犬有可能携带以上所说的任一种颜色，但白色是最主要的。 白色边境牧羊犬一般在兽群中不普遍，一般是说白色不应该占主要颜色。虽然没有证据显示白色边境牧羊犬健康差或者没有颜色好的狗善于工作，但是让一条以白色为主色的边境牧羊犬与另一条以白色为主的边境牧羊犬交配很可能是不明智的。

      除了以上所说的颜色，其它的颜色也不时出现在边境牧羊犬上。带灰色的褐色和暗灰褐色虽然很少见，但是有可能存在于纯种边境牧羊犬的后代上的。其它色彩，比如带深色斑纹的灰色很有可能是杂交的结果，有些颜色，比如黄色有时候被看作是外来的品种，这些也有可能是遗传至本地。改良品种的标准是可以允许有多种颜色，但白色不应该是主要色彩。