具有黑色基因型的犬类应该拥有黑色和以黑色为基本色调的眼睛（例如：黑色与白色、多色调的黑色、黑红色）。具有巧克力色基因型的犬类应该拥有一个带着深赤褐色的鼻子和一双浅棕色或琥珀色的眼睛。具有蓝色基因型的犬类应该拥有（类似石板颜色）暗蓝灰色的鼻子和更浅颜色的眼睛。在具有红色基因品种的犬类中可以即拥有巧克力颜色的基因型，又拥有黑色基因型。因此，一些拥有红色基因的犬类会长有深赤褐色的鼻子和浅色眼睛，而另一些具有红色基因的犬类会长有黑色的鼻子和深褐/棕色的眼睛。

　　一些关于眼睛颜色的标准说法常常令人误解。当然，除了山鸟色犬（云石花）眼睛会是蓝色的之外，这种犬类的眼睛应当是深浅不一的棕色（这并不意味着这是否适用于一只或两只眼睛）这里并没有说明这条规定是针对某一只眼睛或者是全部两只眼睛适用）。 但是，由于颜色有层次的范围。所以，“最好是黑色眼睛”对于任何犬都适用的说法是极其错误的，不以黑色为基色的边境牧羊犬可能会有浅色的眼睛，并且不会因为这一点而受到任何的贬低。

　　但是对于山鸟色犬最为重要的是眼睛的表情：“温顺、机敏、警惕、聪明”。当狗看着你时，你应该看见的是信任、忠诚、智慧和兴趣，而不仅仅是眼睛的颜色。就是说，强烈或者空泛的表情在任何颜色的眼睛中都能够看到的。（无黑色基因的边境牧羊犬就是浅色眼睛，它们也不会因此而受贬）关于山鸟色（云石花）犬的解说：遗憾的是，由于（边境牧羊犬）标准中没有对山鸟色（云石花）犬这个词的使用并没有充分的解说或者仔细的考虑，而导致标准在某些地方自相矛盾。一些标准允许山鸟色（云石花）犬的眼睛既可以全是蓝色，也可以一只棕色一只蓝色，毛色既可以是纯浅色的也可以是有斑点的。一些标准允许狗鼻子上有粉红色的斑点。大部分的标准都对毛色和花纹做了详尽的描述。由于新南威尔士至今都没有山鸟色（云石花）犬，因此这份文档（边境牧羊犬标准）现在没有提供任何对山鸟色（云石花）犬的解说。